Отлично, сколько экспертов, столько и мнений!

В разложении белковой молекулы на составляющие вплоть до аминокислот, не вижу ничего плохого, для того протеолитические ферменты и нужны.

Не понравился термин "разрушают"; это выражение предполагает деструктивные необратимые процессы.

Бетаин также обладает протеолитическим действием.
Думаю, учитывая малое содержание ферментов в массе бойла, гипотетическими негативными влияниями на скатываемость и хранение можно пренебречь.