Можно. Единственное - при термообработке все белки денатурируются.
Только мне не понятно зачем ферментировать рыбную муку? Она сама по себе должна неплохо перевариваться. Я бы понял, если бы перерабатывали микробами растительное сырье. Там белок сложнее и микробы переделают его в свой попроще...