Эндокринная система вырабатывает особые молекулы протеина, которые называются гормонами. Они регулируют и синхронизируют основные физиологические процессы - такие как размножение и осмотическая регуляция. Гормоны действуют как химические «посыльные», которые путешествуют вместе с кровью, пока не достигнут соответствующих органов - мест назначения. Некоторые органы и железы рыб выполняют эндокринную функцию - в том числе тимус, шишковидная железа и межпочечная железа. Эндокринная функция в значительной степени находится под контролем гипофиза, который связан с передним отделом головного мозга. Нервно-гормональная сеть позволяет рыбе физиологически реагировать на сигналы органов чувств, которые воспринимают раздражители, поступающие из окружающей среды.