По месту действия ферменты подразделяются на внутриклеточные (эндоферменты) и на ферменты, которые клетка может выделять во внешнюю среду (экзоферменты). К последним относятся главным образом гидролитические ферменты, катализирующие расщепление сложных субстратов до более простых веществ, способных проникать в клетку.

Клетки каждого вида микробов имеют совершенно определенный набор ферментов, характерный для данного вида. В некоторых случаях в клетке под воздействием каких-либо факторов, например, изменения состава питания, синтезируются ферменты, не свойственные данной клетке в обычных условиях. Появление таких ферментов связано со стремлением организма приспособиться (адаптироваться) к изменившимся условиям, поэтому и ферменты эти носят название адаптивных.