Так почему тогда плохо если до и во время варки его "заправить" ?
Я все больше склоняюсь к тому что нужно варить зерно в собственном соку и забрасывать его тоже отдельно.

Во-первых, мы замачиваем в ликвидах только часть зерна, притом меньшую. Большая часть - натуральный продукт.
Во-вторых, замочить в ликвиде, смеси ликвидов, на 30 минут, это совсем иное, чем варить в сиропе или растворе, степень пропитки совершенно разная.