akmit, всплывающее окно НЕ появится, если в момент поступления сообщения вы находились в разделе личных сообщений.
Также оно НЕ будет появляться в том случае, если вы только что вошли на форум.

Всплывающее окно показывается, когда вы ходите по страницам форума и в этот момент вам приходит сообщение.
Оно появляется при загрузке страницы и только 1 раз, если вы случайно закроете это окно, то оно больше не появится.

Протестировано, эта опция работает исправно.