Донный субстрат.

Важен в основном для бентоса. Каждый тип грунта несет свою специфику; кроме того, обычно тип грунта связан со скоростью течения, и их удобно рассматривать вместе. При полном отсутствии течения поверхность дна выстилают самые легкие и мелкие частицы из имеющихся в водоеме (то есть, как правило, мелкий ил – пелит). Если течение есть – то на поверхности дна самые легкие из тех, которые не смываются данным течением. Чем быстрее течение, тем грубее донный субстрат.
Камни на быстром течении – гладкие и стабильные. Трудно прикрепиться, смывает течение. Обычно много кислорода и света, мимо всегда несет какую-нибудь пищу.
Песок на течении – постоянно перемешивается, прикрепиться вообще не к чему. Из толщи песка органика тоже быстро вымывается.
Ил и детрит без течения – на поверхности очень рыхло, нужно уметь плавать; в толще мало света и кислорода, но очень много органики.
Как оказалось в процессе эволюции, приспособиться можно ко всему. Но универсальных организмов нет – каждый выбрал что-то свое. При этом тип донного субстрата в наибольшей степени (после собственно типа среды: планктон-бентос) определяет набор имеющихся экологических ниш в сообщесве и возможных жизненных форм – то есть функциональную структуру сообщества. То есть, сообщества ила и камней одной речки на расстоянии двадцати метров друг от друга в целом менее похожи друг на друга, чем сообщества камней разных материков.
Собственно, пелагиаль (с ее планктоном и нектоном), а также макрофиты (с их перифитоном и фитофильным сообществом) вполне уместно рассматривать как еще два варианта водных субстратов, наравне с основными донными субстратами. Все они вносят в разнообразие водных сообществ примерно равный вклад.

Глубина.

Сама по себе мало что дает, но с глубиной изменяется давление, а большое давление не все умеют выдерживать. С глубиной падает освещенность – как сильно, зависит от прозрачности; обычно падает температура и ухудшается кислородный режим. Кроме того, становится далеко до нормального атмосферного воздуха (который используют для дыхания довольно многие пресноводные насекомые и легочные моллюски). Как правило, также, с увеличением глубины падает подвижность воды – ветровой прибой не достигает больших глубин, а настоящие текучие водоемы (реки) вообще не очень глубоки.
Поэтому обычно получается, что обилие и разнообразие жизни с увеличением глубины закономерным образом убывают. У самой поверхностной пленки (или у уреза воды, если это бентос) концентрируются малоподвижные воздуходышашие организмы – мелкие легочные улитки, жуки, личинки комаров и т.п., а также нейстон и плавающие растения (кувшинки, водокрасы, ряски) вместе с сопровождающей фауной. Далее, на протяжении 2-3 метров (в пределах фотической зоны) организмов уже меньше, но еще вполне развиты все основные типы водных сообществ (литофильное, фитофильное, пелофильное и планктонное). Еще глубже становится темно, исчезают водные растения и водоросли, животные переходят на питание падающим сверху детритом. На дне, как правило, скапливается ил, и развито только пелофильное сообщество, укомплектованное мелкими червеобразными детритофагами – хирономидами и олигохетами.
Громадное большинство континентальных водоемов имеют небольшую глубину (до нескольких метров), когда ей как фактором местообитания можно почти пренебречь. Глубоководные зоны, имеющие собственные (профундальные) сообщества организмов, свойственны только крупным озерам и, разумеется, морям. Там вечно темно, холодно и страшно, а плотность живых организмов очень мала.